Более ста лет, от самого основания в 1604 г. и до начала XVIII в. Томск играл важную роль как военный форпост, необходимый для продвижения Русского государства вглубь Сибири. Племена воинственных кочевников в течение всего этого периода беспрестанно нападали на город. С юга приходили "черные" и "белые калмыки" (ныне калмыки и телеуты) , с востока (от "киригизского приходу") - "киргизы" (хакасы). Вся внешняя политика и внутренняя жизнь города была подчинена военному распорядку. Естественно, что без крепости не было бы ни одной возможности оборонить город от нашествий кочевников. Собственно и сам Томск начинается со строительства крепости в 1604 г. Лишь позднее, в 1630-х гг, строится "нижний острог" на "Песках" и город расширяется. В XVII в. "городом" называли прежде всего самую укрепленную часть крепости с двойным рядом стен. Другая часть крепости называлась "острогом". Стены острога состояли из частокола. Вторая крепость была построена в 1648 г., т.к. старый "город ... сгнил и разалился". Как первая, так и вторая крепости были не только одним из лучших образцов русского оборонного зодчества, но и долгое время были украшением Томска. Вторая крепость простояла до конца XVIII в. и разобрана была "за ненадобностью". Возможно, не будь этой "ненадобности", крепость простояла бы до наших дней, как простояла до 1960-х гг. крепость в Якутске и Илимске.

Крепость была заложена в 1604 г. на берегу р. Томь и сразу же построилась рубленым городом. В выбранном для нее месте широкая береговая отмель переходила в крутой откос террасы, изрезанной глубокими оврагами, один из которых был ложем р. Ушайки. От северных кручей выдвинулся узкий и длинный мыс, с трех сторон защищенный естественными рубежами и только на северо-востоке, расширяясь, переходивший в степь, где была необходимость искусственной преграды. Возведение рубленых крепостных стен требовало много материала и, хотя в наказе воеводам Писемскому и Тыркову советовалось "лес ронить легкий, чтоб вскоре город и житницы... поставить" , его заготовка затянулась, за поздним временем вместо четырех стен поставили три. Город в плане имел форму близкую к треугольнику, в основании которого на северо-восточной стороне стояли три башни, а в вершине - одна. Огражденное пространство было занято казенными и частными постройками, а когда через два года собрались строить Троицкую церковь, то уже не оказалось свободного места, и ее поставили на посаде у въезда в город. Поселение вне городских стен росло. На узком мысу образовалась улица, двухсторонняя застройка которой быстро продвигалась на север. В 1609 г. вокруг посада был поставлен острог.

В период с 1617 по 1627 г. npoизошло сокращение северной острожной стены за счет основанного в 1722 г. Успенского монастыря, получившего самостоятельное ограждение. Монастырь вскоре был закрыт, а его Воскресенская церковь превращена в приходскую. По имени ее и гора стала называться Воскресенской. Дальнейшее развитие города велось под горой, по обеим берегам р. Ушайки, поскольку сам острог был заселен плотно, а строиться за его пределами было опасно; кроме того, мешало Белое озеро. Здесь в 1630 г. воевода князь Петр Приклонский(?) построил острог. О нем известно, что в стенах было 4 проезжие и 4 глухие башни, а о размерах и местоположении можно только догадываться по расположению церквей - Богоявленской, построенной в 1630 г. на Песках, неподалеку от южного взвоза, и Благовещенской, построенной в 1634 г. за Ушайкой. К середине XVII в. население Томска составляло около 3000 человек. В 1648 г. воевода Осип Щербатый построил новую крепость, просуществовавшую около 150 лет и зафиксированную на многих планах. В 1654 г. за Ушайкой была построена Алексеевская церковь. Туда перевели и Алексеевский монастырь, расположенный ранее на р. Б. Киргизке.
В начале XVIII в. город имел хаотичную застройку с неправильной сеткой коротких и криволинейных улиц. Панорама Томска была выразительной благодаря тому, что над плотной застройкой маленькими домишками, занявшей большую низменную территорию, возвышалась стоящая на холме рубленая крепость с башнями и церквями, а в некотором отдалении от нее, на другом холме стоял Алексеевский монастырь. Силуэт города обогащали и церкви, возвышавшиеся среди застройки слобод. В 1723 г. в Томске было уже около 1050 домов, в них жило примерно 8500 человек. Дальнейший рост города связан с прокладкой в 1730-х годах большой сибирской сухопутной дороги, прошедшей и через Томск, где образовался перевалочный пункт для товаров, отправляемых в северные города. Вдоль тракта в новом городском районе - Заисточье - возникли кузницы, образовавшие Старокузнечный ряд и Новокузнечную улицу. Город начала 1740-х годов зафиксирован на плане и рисунках студентов и художников второй камчатской экспедиции Бархана и Люрсениуса. В это время, помимо Воскресенской горы, были заселены Пески и низина между р. Ушайкой и Юрточной горой.
Толчком к первому серьезному градостроительному преобразованию Томска послужил большой пожар 1769 г., уничтоживший почти всю застройку на Песках. В это время его население составляло 7772 человека. В следующем году город посетил академик Паллас. На Воскресенской горе по-прежнему стоял рубленый кремль, но главная часть города лежала у подножия горы. Путешественника поразила беспорядочная застройка городских улиц, узких, кривых, пересекающих одна другую с домами, загораживающими друг друга и развалинами, оставшимися после пожара. Он также отмечает, что пожар повлек за собой благотворные для города мероприятия, вынудив жителей "выстроить пожарище регулярными улицами и по новому плану".

В.И. Кочедамов
Первые русские города Сибири. М.,1979. С.100-104.

История Томского кремля начинается с официальной даты основания города в 1604, когда "по Государя царя и великого князя Бориса Федоровича (Годунова) всея Руси наказу" был послан "на Томь" отряд служилых людей во главе с Г.И. Писемским и сыном боярским В.Ф. Тырковым для того, чтобы в "Томские волости Таяна князя", по его челобитью, поставить город. Строительство началось с кремля - укреплённого ядра города, его главной планировочной части, административного, политического, культурно- идеологического, военно-оборонительного центра. Через 4 месяца "город зделали со всеми крепостьми сентября в 27 день". Эта дата отмечается как День рождения Томска.
Первый Томский кремль 1604 г., согласно "Росписи Томскому городу и острогу", был небольшим, периметр его стен составлял около 200 м. В кремле имелось 3 башни, в т.ч. 2 "воротные", или проездные состояли из вплотную приставленных друг к другу срубов "городен". Место расположения первоначального Томского кремля неизвестно.
С конца 1620-х встал вопрос о необходимости ставить новый кремль, поскольку старый "сгнил и развалился". К возведению нового городского центра приступили в 1647г., при воеводе князе О И. Щербатом. Томичи разошлись во мнении относительно того, где ставить новый кремль и как его строить - в форме отработочной повинности или наёмной артелью плотников. Кремль был построен в течение года. Конфликт разрешился в пользу размещения Томского кремля на южном мысе Воскресенской горы. Так с сер. 17 в. этот "знатной вершины пригорок" закрепился в памяти томичей как историческое место расположения городского центра. Кремль сооружался Плотничьей артелью, возглавляемой талантливым инженером-градостроителем из народа, казаком П. Терентьевым, названного томичами за заслуги "Петрушей-горододелом".
В качестве военного объекта Томский кремль 1648 г. представлял укрепление, в котором органично сочетались традиции русского деревянного оборонного зодчества и новые тенденции инженерной фортификации. Стены Томского кремля имели тарасную конструкцию, ограждение из сплошной цепи срубов, каждый из которых был прочно и жёстко соединён со смежной клетью-тарасой. Устойчивость тарасной стены обеспечивалась закладкой нижних венцов срубов в траншеи, вырытые в материковой толще мыса. Подземная часть тарас выполняла двоякую функцию: она служила фундаментом для наземной части стены и обрубом, укреплявшим откосы горы. Благодаря археологическим данным раскрыто конкретное содержание исторического названия старинной улицы Томска - "Обруб".
Высота стен Томского кремля в зависимости от колебаний рельефа составляла 6 - 7 м. В Томском кремле 1648г. было 7 башен: проездные - южная Спасская (главные ворота города) и северная Воскресенская; 4 глухих угловых; в западной стене башня-колокольня с часами, отбивавшими время "по старинке, с восходом и заходом солнца". Фортификационные нововведения были представлены элементами бастионной системы: батареей с "раскатом" и выступом. Конструктивное градостроительное новаторство обеспечило большой запас прочности Томского кремля, которого хватило почти на 130 лет.

Внутри Томского кремля располагался комплекс построек: резиденция главного административного лица - воеводский двор, городская соборная церковь, а также съезжая изба, где велось текущее делопроизводство, принимали гостей и послов, аманатская изба, где держали важных заложников, государевы житницы и амбары, в которых хранили собранную в счёт ясачных платежей пушнину, погреба с боеприпасами. Будучи городским центром, Т.к. выполнял не только административную, политическую, военную, культурную функции, но и являлся главным градообразующим фактором всего поселенческого комплекса. Кремлёвские стены и башни были безусловной доминантой, формировавшей облик города. Кремль олицетворял государственную власть, его монументальные и строгие укрепления демонстрировали нерушимость и силу русской державы. Кремль-долгожитель (сер. 17 - 18 вв.) в полной мере выполнил свою роль городского центра, более столетия направляя, объединяя и охраняя жизнь нескольких поколений томичей.

М.П. Черная
Народы и культуры Томско-Нарымского Приобья:
Материалы к энциклопедии Томской области. Томск, 2001.С. 170-173.